2087年、月に樹立された統一帝国「ギガノス」の軍事政権は地球諸国に対し宣戦を布告、その抜きん出た科学力と組織力を用いて地球諸国の7割を支配下に制し、なおも宇宙では戦争が続いていた。
地球連合軍の敗色濃い中で、ある日、中立国のスペース・コロニー「アルカード」に、難民と共に軍事機密物資を運搬中の宇宙輸送艦「アイダホ」が逃げ込んできた。アルカードは巡洋艦の入港を拒否するが、ギガノス軍は武力を行使してコロニーに侵入して来る。
アルカードのアストロノーツ・アカデミー生「ケーン・ワカバ」と旧友の「ライト」「タップ」は街の中で、秘密兵器のデータの入ったディスクを持った男が何者かに撃たれて死ぬのに出会い、そのディスクを手にしたまま、ギガノス部隊とアイダホとの交戦に巻き込まれる。そこで、3人は偶然秘密兵器メタル・アーマー「ドラグナー」のコックピットに入り込み、パイロット登録を行ってしまう。

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