ベースは『バトルネットワーク ロックマンエグゼ3』、『ロックマンエグゼ4』。ゴスペルとの最終決戦後、平和を取り戻した世界でダークロイドとネビュラの手によりウイルスやダークロイドが現実世界で実体化する事件が起こる。熱斗とロックマンは融合＝クロスフュージョンして、ネット社会の平和を守るネットセイバーとして様々な事件を解決してゆく。クロスフュージョンの影響で、前作後半で大活躍した「スタイルチェンジ」の代わりに「ソウルユニゾン」の能力がロックマンに発現する。ダークロイドの設定上、敵ナビにオペレーターがいない（もしくは違う）など、設定がゲームと大きく異なる箇所がある。GC版ゲームに登場したナビも登場しており、無名だった技に技名が付けられている。また、ナビのデリートの演出は体がDELETEという文字に変化してから足から頭上まで光と化し消滅する演出だったが、今作からはゲーム版同様爆散する演出も使われるようになった（特に現実世界でのデリートは爆散で、電脳世界でのデリートは光と化し消滅する）。

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