人々が脱出する時間を稼ぐためにティリアは苦痛をともなう延命を受け入れた。しかし、第三塔の維持には第一塔から膨大な導力を送る必要がある。アオトとクロアは第一塔へと渡り、ライナーたちと協力して導力の確保に挑むこととなる。バイナリ野に侵入した彼らに対し、塔のセキュリティは巫女姿のロボットを送り込む。歴代のメンテナンスロイドをも凌ぐ圧倒的な力をもったマシンとの死闘が始まった。プレイステーション3で人気を博した同名ゲームのその後を、シリーズ3作品のキャラクター共演で描いた完全新作ストーリー。

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